El 18 de septiembre de 1904 apareció por primera vez en un periódico local una noticia referente a la institución, donde se indicó que el Club Alianza le ganó 2:0 a la Escuela de Artillería en un partido que se disputó a las tres de la tarde en la explanada de la Escuela Militar de Chorrillos. Sin embargo, no se sabe si dicho encuentro lo disputó efectivamente el Sport Alianza, ya que en aquel tiempo había equipos con similar nombre: Sportivo Alianza, Alianza Chorrillos y Association Alianza.

Por 1908 los alrededores de los campos de juego lucieron asientos y sillas, lo que convirtió al fútbol en un deporte más formal y serio, además de que significó un mayor ingreso de aficionados por la comodidad. El Sport Alianza siguió en su condición de club de barrio, vagando por las calles de Lima en busca de enfrentamientos y nuevos rivales. La cantidad de equipos emergentes era cada vez mayor. En ella destacaban los equipos ricos como el Unión Cricket y el Lima Cricket. El primer partido confirmado que se tiene del Sport Alianza aconteció el 10 de abril de 1910, en un amistoso frente al Sport Lima. En aquel encuentro, Sport Alianza ganó 2:0 con goles de Jara y Moncada. Dos años después, doce clubes, entre ellos Sport Alianza, se reunieron para formar una entidad que regulase el fútbol. Ello trajo consigo la formación de la Liga Peruana de Fútbol, la primera asociación de clubes en el Perú. Ese mismo año se dio inicio a la primera temporada oficial de la Liga Peruana de Fútbol. La Primera División contó con siete equipos: Lima Cricket, Association FBC, Jorge Chávez No.1, Escuela Militar, Sport Alianza, Sport Inca y Sport Vitarte. El 5 de mayo de 1912, Sport Alianza jugó su primer partido oficial frente al Jorge Chávez No.1, siendo derrotado por 2:0. Aquel año finalizó en quinto lugar. Fue tercero en 1913, 1915 y 1916; y segundo en 1914 y 1917.

Alianza logró su primer título luego de participar seis años en la Liga Peruana de Fútbol. Tras una gran campaña, obtuvo el campeonato de 1918.6 El año siguiente fue especial para la institución blanquiazul, pues logró consagrarse por segunda vez, consiguiendo el primer bicampeonato de la historia aliancista. Por ese entonces, el Sport Alianza era ya un equipo popular que contaba con muchos adeptos. Entre los años 1912 y 1919, el club utilizó de forma alterna dos uniformes titulares: uno que portaba camiseta azul entero y otro blanco con un diseño listado, mangas azules y una franja vertical azul por el medio, el cual sería con el paso del tiempo, el tradicional uniforme blanquiazul de Alianza Lima.

En 1919 además de conseguir el primer bicampeonato, Alianza Lima también ganó la Copa Pluma de oro, copa donada por el señor Felipe Ríos, este torneo solo lo disputaban los campeones de la Liga de Lima, Alianza ganó en la final 2 a 0 a Jorge Chávez con gol de Óscar Zavala y autogol de Maldonado.