En general, esta década no fue muy fructífera para el cuadro grone, ya que sólo pudo obtener un campeonato más para su palmarés. Sumado a ello, durante los primeros años de la década del 40, falleció prematuramente a la edad de 35 años su máximo ídolo, Alejandro Villanueva, el 11 de abril de 1944. La causa de su fenecimiento fue la tuberculosis, enfermedad infecciosa que le resultó mortal.

El primer Superclásico del año 1947 encontró a Alianza Lima y a Universitario de Deportes nuevamente. Los cremas cumplían la peor campaña de su historia, sin embargo, aquel partido lo comenzaron ganando 3:1 de manera contundente. Alberto Terry, quien había debutado hace tres semanas, marcó el primer gol del encuentro a los 12 minutos del primer tiempo. Luego, aumentó la cuenta Teodoro Fernández con golpe de testa a los 23 minutos. Los íntimos reaccionaron mediante Félix Castillo, logrando descontar el marcador a los 33 minutos, luego de aprovechar un mal despeje del arquero estudiantil Jorge Garagate. Fernández, nuevamente, marcó el 3:1 vía penal cuando finalizaba el primer tiempo. En la segunda mitad, Alianza dio vuelta el marcador en ocho minutos. Primero, Herrera marcó el 3:2 a los 70′; después, el árbitro cobró falta dentro del área, Arce ejecutó y anotó el gol de la paridad a los 73′, y en el minuto 78 luego de varios rebotes en el área merengue, el balón llegó a los pies de Carlos Gómez Sánchez, quien con disparo cruzado marcó el gol del triunfo y de una remontada que quedó en la historia por la circunstancia en la que se dio ya que luego de algunas fechas, Unviersitario finalizó el torneo como último en la tabla de posiciones, por lo que debió disputar un partido para mantenerse en la categoría frente al Sporting Tabaco; no obstante, nunca lo hizo pues la ANA (Asociación no Amateur) sorpresivamente resolvió anular el descenso sin dar explicaciones, en lo que fue una de las decisiones más controversiales del fútbol peruano.

El único título nacional que obtuvo Alianza Lima en los años 1940 fue el de la temporada 1948. Aquel equipo que se coronó campeón fue dirigido por un exjugador blanquiazul, Adelfo Magallanes. La base de ese equipo estuvo conformada por Legario, Fuentes, Arce, Silva, Gonzáles, Heredia, Félix y Roberto Castillo, Salinas, Vargas y Pedraza; el cual también tuvo el apelativo de Rodillo Negro. El equipo aliancista presentó un equipo con jugadores jóvenes y algunos veteranos. La experiencia fue representada en jugadores como Alejandro Gonzáles, y en el arco se encontraba Teódulo Legario, quien tenía muchos partidos con la institución en su haber. Al siguiente año, el 12 de junio de 1949, se produjo la goleada más abultada de los Superclásicos: 9:1. Alianza Lima con cinco goles de Juan Emilio Salinas goleó a su eterno rival, Universitario de Deportes. Veintidós días después se volvieron a enfrentar un 3 de julio, donde los cremas recibieron otra goleada, esta vez por el marcador de 5:0. Con ello, Alianza Lima le anotó 14 goles a la U en menos de un mes.