El profesionalismo futbolístico llegó al Perú en el año 1951. Atlético Chalaco fue el primer rival de Alianza Lima en esa nueva era. Alianza debutó en la profesional con un triunfo de resultado 2:1; los dos tantos aliancistas los anotó Roberto Castillo. Al año siguiente de debutar en el fútbol profesional, Alianza consiguió nuevamente el campeonato del fútbol peruano al finalizar primero en la tabla con 27 puntos, mientras que su escolta el Sport Boys terminó en la segunda casilla con 5 puntos menos. El campeonato de 1953 le fue esquivo a Alianza por solo un punto. El Deportivo Sucre finalizó el torneo en el primer lugar y fue el campeón. Sport Boys cedió dos jugadores al club aliancista en 1954, Guillermo Barbadillo y Valeriano López. Posteriormente se sumó al plantel Máximo Mosquera y en el mediocampo apareció un jugador polifuncional llamado Carlos Lazón.

Pero, a pesar del subcampeonato de 1953, al año siguiente consiguieron el título de 1954 para después volverse a coronar bicampeones en 1955. Cabe destacar la final disputada entre los clásicos rivales Alianza Lima y Universitario, donde los dos pelearon por el título de aquella temporada en un partido definitorio, el cual ganaron los blanquiazules. La dirección técnica del bicampeonato victoriano cayó sobre Adelfo Magallanes. La base del equipo aliancista la conformaron Heraclio Paredes, Félix Fuentes, Emilio Vargas, Emilio Salinas y Óscar Gómez Sánchez. Los jugadores Carlos Lazón, Barbadillo, Valeriano López, Máximo Mosquera, Teobaldo Guzmán, Teódulo Legario, Roberto Castillo, Manuel Gimaldo y Juan de la Vega se sumaron después. El 11 de julio de 1954 debutó en el equipo aliancista a los 17 años Víctor Benítez, quien ganó posteriormente la Copa Intercontinental con el Inter de Milán. El 26 de abril de 1956, Alianza goleó 6:1 al Club Aurora en la ciudad boliviana de Cochabamba y el 5 de agosto, Alianza enfrentó por primera vez al Sporting Cristal con victoria del cuadro blanquiazul por 2:1.