En los primeros años de la década del 90 la Dirección Técnica recayó sobre José Carlos Amaral. Entre las contrataciones, una de las más destacadas fue la del brasileño Rosinaldo López, ya que con el correr del tiempo se convirtió en el goleador del equipo blanquiazul. Jugadores como Wilmer Valencia, Parko Quiroz, Zegarra, Purizaga, Kanko Rodríguez, Rosinaldo López, Hinostroza, Vitito Reyes y Julio Altamirano se alternaban con frecuencia. Miguel Ángel Arrué llegó en 1993 para ser el entrenador.50 Su trabajo consistió en darle mayor importancia a las divisiones menores y juveniles, alternándolos en el primer equipo hasta que adquirieran experiencia para ser titulares. A esta nueva camada de jóvenes se les conoció también como potrillos. Uno de éstos jóvenes jugadores fue Waldir Sáenz, delantero que comenzó a brindar buen fútbol y una racha goleadora. Con 31 goles en el año se convirtió en la revelación de la temporada, y con el paso del tiempo, en el goleador histórico del club. José Soto y Juan Jayo Legario empezaron a sobresalir en el año 1994 junto con el argentino Kopriva, Juan Saavedra, Darío Muchotrigo y Marco Valencia quienes se alternaban con algunos refuerzos. Al año siguiente, 1995, Gerson Lente llegó al equipo aliancista proveniente del Ciclista Lima. Darío Muchotrigo se confirmó como titular y Jorge Ramírez empezó a destacar. En 1996 sucedió un hecho poco común: desde Europa, el Real Madrid de España con sus máximas figuras llegó a la capital peruana para enfrentarse en un partido amistoso a Alianza Lima. En la alineación titular destacó la presencia de César Cueto, «El poeta de la zurda», a sus 44 años. El episodio cumbre del partido, fue cuando se cambió a Cueto, y toda la afición que se encontraba en el Estadio Nacional gritó: «Olé, olé, olé, olé, Cueto, Cueto». También, ese mismo año llegó al plantel Marcelo Sossani y Marcelo Bujica, quienes aportaron para que Alianza Lima obtuviera el subcampeonato en aquella temporada.

Pasada una década de la tragedia, en 1997, el club victoriano se consagró campeón nacional luego de un partido en Talara, marcando el fin de las 18 largas temporadas sin campeonatos. El entrenador campeón fue el colombiano Jorge Luis Pinto, y con una campaña destacada, Alianza pudo dar la ansiada vuelta olímpica. La base del equipo campeón fue con Christian del Mar en el arco; Carlos Basombrio, Frank Ruíz, Víctor Hugo Marulanda y Marcial Salazar en la defensa; la volante estuvo conformada por Juan Carlos Bazalar, Juan Jayo Legario, Paulo Hinostroza y Marquinho; en el ataque jugaban Waldir Sáenz y Darío Muchotrigo. Entre los suplentes se encontraban Walter Machaca, Sandro Baylón, José Luis Reyna, César Rosales, Marco Valencia y David Chévez. Cabe destacar que en el Campeonato Descentralizado 1997 se implantó un nuevo sistema de campeonato con dos torneos al año: Apertura y Clausura. Alianza Lima ganó ambos torneos, Apertura 1997 y Clausura 1997, y se consagró como el mejor del año. El título de 1997 fue uno de los torneos más celebrados de la historia de Alianza Lima, que tuvo como goleador a Waldir Saénz con 14 tantos en 21 fechas aquella temporada. Luego del partido en Talara en el que Alianza se consagró con una victoria de 0:5 ante Torino, Alianza Lima jugó como nuevo monarca del balompié peruano la última fecha con una victoria de 5:0 ante FBC Melgar. Aquel partido se jugó en el estadio Alejandro Villanueva ante un lleno total de 35.000 espectadores.

Al año siguiente, en 1998, Alianza participó en la ya extinta Copa Merconorte, en donde no pudo ubicarse en la primera casilla de su grupo, lo cual era requisito para avanzar a la segunda ronda. También clasificó a la segunda fase de la Copa Libertadores, en la que fue eliminado por Peñarol en definición por penales. Diferente fue la situación en la Copa Merconorte 1999, donde en una destacable actuación, quedó como líder de su grupo y la tanda de penales le impidió jugar la final. En el campeonato peruano, Alianza llegó a formar un buen plantel. Una clara prueba de ello fue la obtención del Torneo Clausura 1999, aunque no pudo hacer lo propio con el Título Nacional, teniendo que conformarse con el subcampeonato por diferencia de goles. En aquella temporada destacaron Claudio Pizarro, Tressor Moreno y Sandro Baylón como revelaciones.