El empeño todos los blanquiazules para hacer del 2001 un año eminentemente aliancista fue visible. La contratación del brasileño Paulo Autori como técnico fue el hito que marcó el camino; realzar el certamen local con la presencia de un entrenador de renombre era indicativo de que en Matute se pensaba en grande. Los siguientes golpes no tendrían menores dimensiones: apenas un día después de haberse consagrado tricampeón y máximo goleador del campeonato nacional con Universitario, Eduardo Esidio era anunciado como nuevo jugador de Alianza Lima, unas semanas después le seguía los pasos el volante Marko Ciurlizza. El cuadro íntimo lograba anotarse una victoria por goleada sobre su clásico rival sin necesidad de haber saltado al campo. Pero aún había más. José Soto y Waldir Sáenz volvían a casa, y en un mismo día se anunciaba la contratación de cinco jugadores: Guillermo Salas, Alexis Ubillús, Roger Serrano, Juan Carlos Bazalar y Rafael Gallardo. Además, se garantizaba la seguridad en el arco con el uruguayo Gustavo Roverano y la creación en el mediocampo con el brasileño Palhinha. El Hincha aliancista empezaba a ilusionarse con el año del centenario.

Tras algunas derrotas inesperadas en los partidos de la pretemporada, llegó el 14 de febrero del 2001, víspera del centenario, y Alianza Lima derrotó 2 a 1 al Colo Colo de Chile en el partido de aniversario con dos goles Palhinha. El Apertura estaba a la vuelta de la esquina y los ánimos eran nuevamente los mejores. Y así empezaron las goleadas y el espectáculo. Alianza Lima se encaramó rápidamente en la cima de la tabla afirmando fecha a fecha el 4-2 3-1 como innovador esquema, con Henry Quinteros, Palhinha y Sáenz como volantes lanzadores. Hasta el brasileño Cristiano Grotto con su juego poco ortodoxo se ganó al público sobre la base de entrega y corazón. A punta de fútbol, el cuadro íntimo se erigiría como el mejor del torneo. Pero, como siempre, aparecieron los imprevistos: empates en provincias, discusiones con los árbitros y una atropellada de Sporting Cristal en el tramo final que forzó una definición en partido extra con Alianza Lima, al concluir ambos equipos las veintidós fechas con 46 puntos.

La cita era en el Estadio Nacional la tarde del 1 de julio. Henry Quinteros abrió la cuenta para Alianza Lima con un tiro rasante, pero Jean Ferrari igualó comenzando la segunda etapa. Las cosas se complicaban, hasta que un cabezazo de Roberto Holsen decidió la victoria grone a falta de veinte minutos para el final. Poco importaba luego del encuentro cómo se había llegado a aquel momento. Apenas interesaba celebrar tan frenéticamente como lo hacía el capitán José Soto trepado en el arco Sur, ofrendándole al fiel Comando su primer campeonato con camiseta blanquiazul. Porque cien años no se cumplen todos los días, y menos con un título bajo el brazo.

En el mes de julio 2001,previo al inicio de éste torneo se produjeron los retiros del comando técnico, Paulo Autuori y Gilvan santos. Asimismo el retiro de Marko Ciurlizza, contratado por Botafogo de Brasil, Palinha contratado por otro equipo brasileño, la finalización de los contratos de José Soto y Roberto Holsen, en conjunto afectaron la perfomance del primer equipo. Esta coyuntura, que no se pudo evitar debido a los problemas financieros que afectaban al club, motivaron la contratación de los Sres. Jaime Duarte y César Cueto como nuevos asistentes, otorgándosele la oportunidad al Sr. Victor Zegarra para hacerse cargo del primer equipo, hecho que no se logró concretar por falta de acuerdo entre las partes. Se incorporó como preparador físico el Sr. Esdras Costa López, de nacionalidad brasileña. Durante los primeros días de julio fueron incorporados al primer equipo los jugadores Pedro Ascoy, goleador del apertura 2001, jugando a préstamo por el club Juan Aurich y luego el técnico interino Jaime Duarte promovió al menor Jefferson Farfán, causando buena impresión pues en los partidos que jugó anotó goles. En los diversos cambios y problemas de orden financiero y económico , generados por la negativa de Telefónica de seguir apoyando mediante la entrega del segundo paquete de letras correspondiente al año 2003, así como las diferencias de estilos impuesta por el nuevo técnico, Ivan Brzic, afectaron la perfomance deportiva del primer equipo, lo que a su vez terminó con el cese del Sr Brzic y en su reemplazo fue promovido el Sr. Bernabé Herráez, quien hasta ese momento se desempeñaba como jefe de la Unidad Técnica de la División de Menores del Club.

Posteriormente y con miras a los partidos de Play Off, fueron reincorporados los jugadores José Soto, Palinha, Roberto Holsen, y se contrato al jugador colombiano james Angulo. Se promovió al menor Wilmer Aguirre y se invitaron indistintamente a otros jugadores menores al fin de foguearlos con miras hacia el año 2002.

El torneo Clausura, generó los siguientes resultados para el primer equipo:
21 partidos jugados, 5 partidos ganados, 7 partidos empatados, 9 partidos perdidos, 22 puntos obtenidos.

El Club Cienciano del Cusco, obtuvo el primer lugar y campeonato del Torneo Clausura 2001, hecho que le otorgó el derecho de disputar con nuestro primero equipo la definición del Campeonato Nacional, conforme a las bases del torneo descentralizado 2001. El primer partido se realizó el día 22 de diciembre en el estadio del Club Alianza Lima, ante la concurrencia de 24, 774 espectadores, obteniéndose un importante triunfo por el marcador de 3 a 2, con goles de Waldir Sáenz, José Soto y Roberto Farfán. Con este resultado favorable, nuestro equipo viajó a la ciudad del Cusco, ciudad que fue testigo de la obtención del campeonato nacional en el año de nuestro Centenario, pues el partido fue 1 a 0 a favor del Cienciano y se jugó el tiempo suplementario de 30 minutos dando el resultado de 0 a 0 marcador lo cual llevó a la ronda de penales, venciendo 4 a 3 con goles de: José Soto, Roger Serrano, Henry Quinteros y Waldir Saenz.

Los resultados de ambos campeonatos, en comparación con el año anterior muestran una pequeña mejoría a pesar de no conseguir el título de campeón nacional y de ninguno de los campeonatos parciales. En el campeonato Apertura del 2002 incrementamos el número de puntos llegando a 47 en comparación de los 46 del año 2001. Se lograron 14 triunfos, de los cuales , 8 fueron en calidad de local y 6 en calidad de visitante. Las derrotas fueron 4:2 en calidad de local y 2 en calidad de visitante. Se marcaron 43 Goles y se recibió 17 en contra, logrando una mejor diferencia de goles graficando así una mejor producción. Lamentablemente, las cifras que en este año fueron superiores a las del año 2001, no permitieron que nuestro equipo logre el campeonato Apertura. Se tuvo que ir a un Play – Off con Universitario de Deportes en donde perdimos el primer partido en calidad de visitante y nos negaron nuestro derecho a ser locales en el partido de retorno. Este partido, el de retorno, tuvo que ser programado en la ciudad de Trujillo debido a la falta de garantías que aducía la Prefectura de Lima y cuyo resultado fue un empate sin goles que a la postre significó la pérdida del campeonato. La Comisión de Fútbol, con pleno conocimiento y en el momento adecuado, tomó la decisión de hacer un cambio en la Dirección Técnica y reemplazar a los Profesores Franco Navarro, Luiggi Dietz y Leonardo Rojas (recientemente incorporado) por el profesor José Torres Sáenz..

La Comisión de Futbol, para enfrentar la Copa Sudamericana y el Campeonato Clausura, reforzó el equipo con los siguientes jugadores: Nelson Olveira, Juan José Jayo Legario, Aldo Olcese, Luis Romero. Esto repotenció la estructura del equipo en todas sus líneas. La campaña en el campeonato Clausura tiene como factor determinante el castigo impuesto por la Comisión de Justicia de la FPF de restar tres puntos en este campeonato por la supuesta negación de pasar el control antidoping en la ciudad de Sullana. Las consecuencias eran evidentes, de 45 puntos logrados en el Clausura solo nos reconocieron 42 puntos. Conseguimos 39 puntos producto de haber ganado 13 partidos y 6 puntos por el empate en 6 partidos. A diferencia del Campeonato Apertura se perdió 3 oportunidades. Se marcaron 40 goles y se recibió en contra 18 goles. No se logró alcanzar el objetivo del Campeonato y se aceptó reconociendo que, a pesar de las dificultades externas que se presentaron durante el transcurso del año, hubo errores en la parte dirigencial; se asumió con voluntad autocrítica y estos errores Fueron debidamente analizados en el seno del Directorio.

Como campeón del Fútbol Peruano, en el 2001, y con la esperanza de hacer un buen papel en la Copa Toyota Libertadores de América, se participó en la edición correspondiente compartiendo el grupo con los siguientes equipos: Cerro Porteño de Paraguay, Cobreloa de Chile y Sao Caetano de Brasil(finalista con Olimpia). La realidad del Fútbol peruano no solo se reflejó con la participación en Copa Libertadores sino que en este sentido se es necesario traer a nuestra memoria las campañas de los otros equipos peruanos en sus respectivos grupos. Solamente se pudo Conseguir un (1) punto jugando como local frente al Club Cerro Porteño. A propuesta de la F.P.F, el plantel profesional de nuestra institución fue invitado a participar en la primera edición de la Copa Sudamericana como Campeón del Fútbol Peruano. En esta competición, que se empezó durante el segundo semestre del 2002, el equipo cumplió una mejor perfomance que el anterior campeonato internacional debido a que hubo incorporaciones importantes, cuyo aporte fue determinante para cumplir la actuación referida. El primer equipo ganó sus dos partidos frente a nuestro tradicional rival Universitario de Deportes, consiguiendo así pasar a la siguiente etapa de la Copa. En esta fase, el rival que tocó enfrentar fue el Barcelona de Guayaquil, al que superamos en Lima en tanda de penales, consiguiendo la clasificación a la tercera etapa. El equipo que enfrentamos en esta estación fue el nacional de Montevideo a quien de local vencimos por la mínima diferencia y en Montevideo perdimos la oportunidad de seguir avanzando por diferencia de goles.

Nos cabe hace referencia al número de clásicos ganados en el año 2002. Se jugaron ocho clásicos durante el año. Por el campeonato Apertura se jugó 2 de los cuales se ganó los dos. Por el campeonato Clausura jugamos 2 partidos de los cuales se ganó los dos. En el Play-Off, se jugó 2 partidos de los cuales se perdió uno y se empató el segundo. Por la copa sudamericana se jugó dos partidos ganando los dos. De ocho clásicos, se ganó seis, se empató uno y se perdió uno. Tampoco se debe olvidar que al Club Sporting Cristal se le ganaron de cuatro partidos tres, de los cuales se recuerda el cinco a uno , y el empate a uno.