Para el torneo apertura del 2003, Alianza Lima apuesta con todo a sus divisiones menores , contando en el primer equipo con juveniles tales con Jefferson Farfán , Wilmer Aguirre, Exar Rosales, Rinaldo Cruzado , Walter Vilchez, Alexander Sanchez, los hermanos Roberto y Guillermo Guizasola y con ellos la capacidad y la experiencia del capitán Jose Soto , la marca implacable de Juan José Jayo Legario, el empuje de Marko Ciurlizza , los cambios de ritmo de Aldo Olcese y la sobriedad de Gustavo Roverano. Se logro amalgamar un gran equipo el mismo que se fue consolidando fecha a fecha, ya con la batuta en la dirección técnica del profesor Gustavo Costas , entrenador argentino el cual su mayor referente es el de mostrar a los juveniles en los equipos en los que dirigió, Alianza Lima no es la excepción.

En este torneo se logro mantener la hegemonía en los clásicos, empatando en la primera rueda y ganando por 2 goles a 1 a universitario de deportes y aumentando la diferencia en el total de clásicos jugados a través de la historia del fútbol peruano. Lamentablemente nos fue esquiva la posibilidad del título, puesto que se dieron muchísimas razones que entorpecieron la labor del comando técnico como por ejemplo las convocatorias de la selección peruana para los partidos previos a la eliminatoria al mundial Alemania 2006, al tener el mejor plantel del fútbol peruano para cada convocatoria se contaba hasta con 9 jugadores de Alianza Lima, lo que hacia complicada la labor del comando técnico. Se llego al final del apertura en segundo lugar esperando conseguir el titulo del clausura para forzar la definición Play- Off con Sporting Cristal, campeón del torneo apertura 2003.

Empezamos el torneo clausura 2003 sin el concurso en el primer equipo de Henry Quinteros quien fichara por Sporting Cristal , pero se mantuvo la columna vertebral del mismo ya que no se sufrió ninguna otra baja y el profesor Costas le brindo toda la confianza al juvenil Junior Viza quien al lado de Aldo Olcese se encargaron de la volante de creación en el equipo. En este torneo y como ya es costumbre se derroto por enésima vez a nuestro compadre y rival deportivo , lo que confirma el paternalismo del equipo del pueblo sobre el equipo de la vocal. Alianza logró un nivel importante de juego basado en la velocidad de sus jugadores, en su mayoría juveniles destacando nítidamente en el torneo Jefferson Farfán , nivel que nos colocara en el primer lugar del campeonato en solo algunas fechas de jugado. Al final de la primera rueda , Alianza Lima se ubico en el primer puesto seguido por el Alianza Atlético de Sullana., el equipo siguió por la senda del triunfo pero lamentablemente se vio truncada la posibilidad de continuar el campeonato por problemas con la agremiación de jugadores quienes decretaron una huelga indinida lo que obligó a los miembros de la ADFP a continuar el torneo con las categorías Sub 20 , pero esto trajo mayores inconvenientes y la federación mediante una resolución dio por concluido el torneo clausura dando como campeón a Alianza Lima por la ubicación en que se encontraba al momento de la suspensión y por el puntaje acumulado a lo largo de todo el año.

Luego de muchos debates entre los miembros de la ADFP , agremiación de futbolistas y Federación Peruana de Fútbol se levantó la huelga y la federación programó el partido de definición del torneo 2003 entre Sporting Cristal ,Campeón torneo apertura vs. Alianza Lima, campeón torneo clausura para determinar el campeón nacional 2003 programado para el sábado 31 de enero del año 2004. Esa fecha , Alianza demostró que debió ser justamente campeón por lo que dejó en la cancha, y con el gran desempeño de todos, especialmente los juveniles, derrotaron a Sporting Cristal . José Soto, del Cristal y Roberto Silva, de Alianza, fueron los autores de los goles que definieron el empate en el primer tiempo reglamentario del partido. Sin embargo, fue en el tiempo suplementario que Farfán anotó el tanto que dejaría el triunfo en manos del plantel aliancista. Luego de este vibrante encuentro empezó el torneo Apertura 2004 , Los íntimos iniciaron el Apertura ante Atlético Universidad con buen pie, con un triunfo en Matute. En los siguientes partidos, el saldo siguió siendo bueno. Un empate de visita ante Vallejo, un triunfo en Matute ante ‘Bolo’ y un empate en Sullana ante A. Atlético.

La quinta fecha fue especial para Alianza. Enfrentaron a un Sporting Cristal con muchos elementos jóvenes y los apabullaron sin compasión por 5-0, con dos dianas de Sáenz. Al término de la primera rueda, Alianza recibió un gran golpe en casa al caer por 1-0 ante Cienciano, aunque, sin embargo, la punta siguió siendo suya. Ya recuperado del traspié, el equipo blanquiazul no tuvo piedad en Ica con Bolognesi y lo goleó por 6-1. Hasta que llegó el partido del título: fecha 18. Los íntimos ganaron con justicia a Cristal (1-0) y aseguraron prácticamente el Apertura, así en la siguiente jornada hayan caído por 4-0 en Juliaca ante Melgar. Los triunfos posteriores sobre Huaral, Wanka, San Martín, Grau Estudiantes y Universitario sirvieron para consolidar el objetivo. Cuando llegó el cotejo ante Cienciano en Cusco, por la última fecha del torneo, Alianza Lima ya era campeón, pues había celebrado ante los ‘merengues’ por anticipado (tenían una ventaja de cinco puntos sobre el segundo) y ya todo estaba dicho.

Para el clausura se fue Jefferson Farfán y Alianza Lima sufrió inconvenientes. Si bien inició el segundo torneo con una victoria ante Atlético Universidad, en adelante, es decir hasta la octava fecha, no supo de alegrías, y todo, debido a la falta de delanteros y nula definición. Pese a los triunfos sobre Wanka, Grau Estudiantes y San Martín, en fila, Alianza volvió a caer en la fecha 11 ante Boys, así también obtuvo sendos empates ante la ‘U’ y Cienciano antes de terminar la primera rueda, lejos del primer lugar. Consciente que tenía que levantar, Alianza tuvo un buen inicio en la segunda rueda con cinco resultados favorables, incluido una victoria sobre Cristal, el gran candidato, y que le permitió ascender al tercer puesto y volver a soñar con el título, pero sólo fue un deseo. Ante Melgar, la fecha siguiente, volvió a mostrar muchas dudas y cayó sin atenuantes. La meta, ahora, sólo pasaba por ubicarse entre los seis primeros para disputar el Play Off contra Sporting Cristal, objetivo que casi no logra pues las derrotas ante Boys y Universitario asustaron más de la cuenta. Y llegó el partido ante Cienciano, el último en Cusco, el que definía todo para Alianza Lima. Quedará en el recuerdo el gol del empate en los pies de Aldo Olcese, quien anotó en valla rival cuando tuvo que hacer gala de su Fair Play.

Y llego el dia definitorio del Campeonato. Alianza dio la última lección de corazón valiente en este durísimo campeonato, al enfrentar a un Sporting Cristal relajado y descansado, pero que vio como con ‘corazón para ganar’ los aliancistas escondían su desgaste y lesiones para inclinar la cancha a su favor. Porque, aunque la definición fue por penales, lo cierto es que Alianza Lima fue muy superior a un Sporting Cristal timorato y excesivamente conservador. Sólo el primer tiempo Cristal insinuó peligro sobre la valla de un enorme Butrón, con algún remate de ‘el Pato’ Quinteros y un desborde de Juan Cominges. Para el segundo tiempo, creció la figura de Jayo, que reaparecía después de una lesión y los victorianos encontraron el equilibrio y la pelota para generar peligro. Pero lo mejor de Cristal estuvo en el fondo, pese a la temprana expulsión de Villalta, superieron recuperarse y controlaron los avances aliancistas. El ecuatoriano Baldeón anotó a los 24 del segundo tiempo, pero la fiesta debía esperar por estar en posición adelantada. Sólo dos minutos después, en una excelente proyección de Guillermo Salas, le dio la oportunidad de quedar cara a cara ante el arquero Delgado, pero su remate pifiado salió cerca al palo. Cristal quería que los minutos pasen y soportaba, como todo el segundo tiempo y los treinta minutos del suplementario, los improductivos embates blanquiazules, que fueron el talón de aquiles desde que perdieran a su perla negra, Jefferson Farfán. Y se le dio a Cristal. Acabó el partido y la cosa estaba para cualquiera. En la ronda de penaltis anotaron los aliancistas José Soto, Martín Hidalgo, Juan Jayo, Marko Ciurlizza y Guillermo Salas, mientras que fallaron Flavio Maestri y Waldir Sáenz. Por el Cristal anotaron Carlos Zegarra, Jorge Soto, Amilton Prado y Erick Torres, y erraron sus tiros Juan Cominges, José Moisella y Norberto Araujo. Premio al corazón que le puso Alianza para querer ganar en base a sacrificio y el aliento ensordecedor del 70 por ciento del estadio. Con este titulo se logro el ansiado BICAMPEONATO.