En el año 2010, el equipo continuó con el comando técnico liderado por Costas. La pretemporada se realizó en Sierra de la Ventana, Argentina, con el objetivo puesto en la Copa Libertadores 2010. En dicho certamen realizó una campaña destacada, resaltando la goleada 4:1 que le propinó al en ese entonces vigente campeón de América y subcampeón del mundo, Estudiantes de la Plata.83 Perdió el primer lugar de su grupo en la última fecha, pero accedió a octavos de final como el mejor segundo del torneo. En esa instancia enfrentó a la Universidad de Chile, quien ganó en Lima por el resultado de 0:1 en el partido de ida. En Santiago, el cuadro aliancista consolidaba su acceso a cuartos de final al ganar 1:2 en el estadio de Colo-Colo. Sin embargo, en una polémica decisión, el árbitro principal decidió validar un gol que había sido anulado por el juez de línea. Así, con el resultado final de 2:2, el cuadro grone se resignó a quedar entre los 16 mejores equipos de América. Las partidas de sus principales figuras en la Libertadores como Wilmer Aguirre y José Carlos Fernández, hicieron que el equipo perdiera terreno en su lucha por el título nacional, el cual mantuvo su formato del año anterior. De esta forma, acabó a 14 puntos del líder del grupo impar, la Universidad de San Martín. El nuevo objetivo de Alianza Lima era entonces obtener el cupo como Perú 3 a la Copa Libertadores 2011. En las últimas fechas del Descentralizado disputó dicha clasificación con su eterno rival, Universitario. Al término de las 44 fechas regulares, Alianza obtuvo el pase a la primera fase de la Libertadores, relegando a Universitario a la Copa Sudamericana. Alianza finalizó el campeonato en el tercer lugar de la tabla general.

En el año 2011, Alianza logró una buena campaña que lo llevó a la Copa Libertadores 2012 y la final del Descentralizado, la cual perdió ante el Juan Aurich en definición de penales.

En el año 2012, anduvo en medio de una crisis generalizada ya que el club fue intervenido por el Estado y puesto a cargo de una Administración Temporal. En esta temporada el equipo no logró clasificar a un torneo internacional y estuvo en peligro incluso de bajar de categoría. En la segunda mitad del año, se vivió una situación similar en cuanto a resultados, y si bien no estuvo en juego la pérdida de la categoría, no se llegó a clasificar a un torneo internacional.

El año 2013 se inició promisoriamente con la consolidación de Yordy Reyna, un jugador canterano que había mostrado grandes condiciones en la temporada anterior. Las primeras fechas del torneo encontraron al equipo en la primera posición. Sin embargo después de un receso se empezó a sufrir derrotas inesperadas, perdiéndose la posición de privilegio. Además en una decisión que muchos consideraron apresurada, la Administración Temporal del Club decidió vender a Reyna al Red Bull Salzburg de Austria. Los malos resultados se sucedieron y el técnico Wilmar Valencia se vio obligado a renunciar. En la segunda etapa el equipo se reforzó y logró mejores resultados, pero los puntos perdidos en la primera etapa impidieron que se llegue a la final.

En el 2014, con un nuevo técnico, el uruguayo Guillermo Sanguinetti, el equipo arrancó muy bien el año ganando el Torneo del Inca, después de vencer en una apretada final jugada en el Estadio Miguel Grau del Callao a la Universidad San Martín, después de empatar 3 a 3 en un partido que llegó al tiempo suplementario y ganando por penales 5 a 3. En el torneo destacaron las figuras de Walter Ibáñez, Mauro Guevgeozián, Pablo Míguez y Julio Landauri. En el Torneo Apertura el equipo fue muy irregular y para el Torneo Clausura, el cuadro blanquiazul quedó 2º, luego de perder en un partido extra, jugado en Arequipa, con Sporting Cristal.

En el año 2015, el equipo blanquiazul logró hacer una buena campaña en el Torneo del Inca, quedando subcampeón tras caer por un marcador de 3 a 1 frente a la Universidad César Vallejo, luego de haber ganado en la semifinal, curiosamente, a la Universidad San Martín; sin embargo, en el campeonato tuvo una campaña irregular quedando en el puesto 9º, habiéndose quedado sin chances de clasificar a un torneo internacional.

En el año 2016, se celebraría la edición número 100 del Campeonato Peruano, en el cual Alianza Lima arrancó muy bien en el Torneo Apertura, pero decayendo su rendimiento para el Torneo Clausura, clasificándose a la Liguilla B, para que al culminar las fechas no lograse entrar a los play-offs, al quedar a 3 puntos del 4º lugar, ocupado por Deportivo Municipal.

En el año 2017, llegaría el director técnico Pablo Bengoechea, en la que sería la participación n.º 100 de Alianza Lima en el Campeonato Peruano, empezó con un regular rendimiento el Torneo de Verano, quedando en el 2º lugar del Grupo B, a 4 puntos del líder Universidad Técnica de Cajamarca, para el Torneo Apertura, el equipo tendría buenos resultados, ocupando el primer lugar al término de las 15 fechas, empatando en puntos al Real Garcilaso, pero que en ese tiempo contaba con una reducción de puntos que luego sería absuelta por el TAS, para el Torneo Clausura, el club seguiría logrando buenos resultados, pugnando por el campeonato después de 11 años.

En el año 2018, el equipo empezaría mal en el Torneo de Verano, y en el Torneo Apertura, aunque consiguió el subcampeonato. Para el Torneo Clausura, el club bajo el mando de Pablo Bengoechea volvería a ser subcampeón, pero debido a que quedó 3º en el acumulado, logró clasificarse a las semifinales, empatando 3:3 a Melgar de local y empatando 2:2 de visita, para luego ganar 0-2 en los penales y clasificar así a la final del torneo, en la que perdería en la ida por 4:1 y en la vuelta por 3:0, obteniendo el subcampeonato.

En el año 2019, el club contaría con el DT Miguel Ángel Russo en la primera mitad del año, pero los malos resultados en el Torneo Apertura, hicieron que fuera despedido. En la Copa Bicentenario, el equipo tuvo un rendimiento regular al vencer a Sport Victoria y empatar frente a Melgar, pero ni con el regreso de Pablo Bengoechea, lograría llegar a octavos de final, al ser goleado por Deportivo Binacional en la última fecha. Para el Torneo Clausura, Alianza Lima tuvo un buen rendimiento, peleando cada partido el liderato de la tabla con su clásico rival Universitario de Deportes, llegando a campeonar al término de la última fecha. En los play-offs, se enfrentaría en la semifinal contra Sporting Cristal, ganando en la ida por 1:0 y empatando en la vuelta por 1:1, logrando su pase a la final, en la que perderia en la ida por 4:1 y ganaría en la vuelta por 2:0, obteniendo el subcampeonato por segundo año consecutivo.