La bandera aliancista fue creada en los años 1930 y es considerada como uno de los estandartes oficiales. En el sector izquierdo, se observa un triángulo horizontal; en el centro del mismo, se ubica el escudo del club blanquiazul. La bandera posee los tradicionales colores azul y blanco y el clásico diseño listado aliancista de forma yacente. En su diseño original, mantenía mucha similitud con la bandera de ciudad de Lima, sin embargo, ha sido objeto de muchas variaciones en la actualidad. Los bordes del triángulo que encierra el escudo son de color rojo con blanco, simbolizando la patria peruana. Comúnmente se iza el pabellón en el estadio Alejandro Villanueva junto con la tradicional morada, acompañando la bandera nacional del Perú.