Segundo descenso y apelación del TAS para ascender.

En el año 2020, el club inició con malos resultados en el Torneo Apertura, lo que ocasionaría lo renuncia de Pablo Bengoechea y la posterior contratación de Mario Salas. Después de unos malos resultados en Copa Libertadores y en la Liga 1, Salas fue despedido, y la directiva colocó a Daniel Ahmed como entrenador del primer equipo. Sin embargo, el equipo continuó con malos resultados. El equipo llegó a la última fecha en la posición 17, empatado en puntos con Carlos Stein, en la posición 18. En la última fecha, tras una derrota ante Sport Huancayo, y un empate de Carlos Stein, Alianza Lima perdió la categoría por segunda vez en su historia futbolística. Sin embargo, desde agosto de 2020, el club había iniciado un reclamo ante la Federación por el reiterado incumplimiento de las normas económicas de Carlos Stein ( 17º con 27 puntos). Sin embargo, esto fue desestimado por la Federación Peruana de Fútbol.