Alianza Lima se puede jactar de una cosa muy específica y que muy pocos equipos en el mundo han logrado: Ganarle a Boca Juniors de visita en la misma Bombonera por la Copa Libertadores.

Los equipos que le ganaron a Boca Juniors en la Bombonera por la Copa:
Santos (1963)
Alianza Lima (1966)
Independiente de Avellaneda (1966)
Cruzeiro (1994)
Vélez Sarsfield (1994)
Cruz Azul (2001)
Paysandú (2003)
Defensor Sporting (2009)
Fluminense (2012)
Toluca (2013)
Nacional de Uruguay (2013)

En aquella Copa Libertadores 1966, Alianza Lima fue emparejado en el Grupo 1 con Boca Juniors, River Plate, Universitario y los venezolanos Deportivo Italia y Lara. Tras caer 0-1 en el Estadio Nacional, el equipo dirigido por Jaime de Almeyda dio el golpe y venció por la mínima con un gol de Víctor ‘Pitín’ Zegarra a los 67′, significando una de las victorias más importantes para Alianza en su historia.

A pesar de ese importante triunfo, el cuadro peruano no logró clasificar a la segunda fase del campeonato, Alianza Lima acabó penúltimo del Grupo 1 con apenas 4 puntos, los mismos que Lara, mientras Boca Juniors fue segundo con 14 unidades, 3 debajo del líder River Plate. Los Xeneizes no pudieron superar la segunda fase de la Copa Libertadores, la misma que se llevó el Peñarol del peruano Juan Joya.El once de Alianza Lima dirigido por Jaime de Almeyda ante Boca Juniors fue el siguiente: Rodolfo Bazán; Juan De La Vega, Orlando Lavalle, Rodolfo Guzmán, Manuel Grimaldo, Jorge Barreto, Luis “Babalú” Martínez, Víctor “Pitín” Zegarra, Eusebio Leiva (41′ Julio Baylón), Víctor Rostaing, Héctor Valle.